വാളയാറില്‍ സഹോദരിമാര്‍ മരിച്ച സംഭവത്തില്‍ പ്രത്യേക അന്വേഷണ സംഘത്തില്‍ നിന്ന് വാളയാര്‍ എസ്.ഐയെ മാറ്റി. നാര്‍ക്കോട്ടിക് സെല്‍ ഡി.വൈ.എസ്.പി എം.കെ സോജനാണ് അന്വേഷണ ചുമതല. വാളയാര്‍ കേസിന്റെ പ്രാഥമിക ഘട്ടത്തില്‍ അന്വേഷണം അട്ടിമറിച്ചോ എന്ന് വകുപ്പ് തല അന്വേഷണം പ്രഖ്യാപനം നടത്തി. വാളയാര്‍ പൊലിസിന് വീഴ്ച സംഭവിച്ചോ എന്ന് അന്വേഷിക്കാനും ഐ.ജി ഉത്തരവിട്ടു. അന്വേഷണം അട്ടിമറിച്ചെന്ന ആരോപണത്തില്‍ എസ്.ഐക്കെതിരെയും അന്വേഷണം നടത്തും.
വാളയാറില്‍ ആദ്യ പെണ്‍കുട്ടിയുടെ പോസ്റ്റ്‌മോര്‍ട്ടം റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ പീഡനം സംബന്ധിച്ച് സൂചനയുണ്ടായിട്ടും പൊലീസ് അന്വേഷിച്ചില്ലെന്ന് ആരോപണമുയര്‍ന്നിരുന്നു. മനോവിഷമം മൂലം കുട്ടി ആത്മഹത്യചെയ്തതാണെന്നായിരുന്നു പൊലീസ് എഫ.്‌ഐ.ആര്‍. ആത്മഹത്യയാണെന്ന നിഗമനത്തില്‍ ആദ്യമേ എത്തിയ പൊലീസ് കേസില്‍ കൃത്യമായ അന്വേഷണം നടത്താതെ അവസാനിപ്പിക്കുകയായിരുന്നു.
